R&D세액공제 사전심사 추가서류, 이제 홈택스로도 낼 수 있다

(세종=뉴스1) 서미선 기자 = 매년 2조원대 규모의 연구·인력개발비(R&D) 세액공제를 받기 위한 사전심사를 올해부터 더 간편하게 받을 수 있게 됐다.

국세청은 기존에 우편·방문접수만 가능했던 사전심사 보완서류를 홈택스로도 낼 수 있게 하고, 신청 뒤 사전심사 진행상황을 직접 확인할 수 있게 전산 조회화면을 개발했다고 30일 밝혔다.

홈택스 시스템을 통해 신청인이 심사 과정에 언제든 연구활동 증빙자료를 추가로 낼 수 있게 한 것이다.

그동안 사전심사 담당자, 진행상황을 파악할 수 없다는 신청인 애로를 반영해 홈택스에 5단계로 세분화된 진행상황 조회화면도 마련했다.

홈택스 신청화면에서 '간이계산기'도 제공한다. 연구활동을 하는 기업은 이를 통해 관련 지출에 대한 R&D 세액공제 가능 금액을 계산해볼 수 있다.

신청기업이 연구활동 입증자료 준비에 어려움이 없도록 자체 수집이 가능한 연구소 인정서와 연구계획서, 기타 지적재산권 등록 자료 등은 제출서류에서 뺐다.

신청기업이 낸 증빙서류의 열람권한은 심사담당자로 제한하는 등 보안은 강화했다.

R&D 세액공제는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비로 지출한 금액에 일정비율을 곱해 법인세나 소득세에서 공제해주는 제도다.

해당 세액공제액 규모는 2019년 2조2305억원, 2020년 2조6430억원, 2021년 2조6342억원 등 매년 2조원대 수준이다. 신청건수는 2020년 1547건에서 2021년 2332건, 지난해 2439건으로 증가 추세다.

국세청은 2020년부터 R&D 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 사전심사 제도를 시행하고 있다.

사전심사를 받으려는 기업은 법인세나 소득세 신고 전까지 홈택스, 우편, 세무서 방문을 통해 신청하면 된다.

법인세나 소득세 신고 뒤엔 세액공제 신고누락분에 대해 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 이전까지 사전심사를 신청할 수 있다.

R&D를 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청할 수 있고, 여러 연구과제가 있는 경우 특정 과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.

지난해 7월부터는 비용이 확정되지 않더라도 연구개발 활동여부(기술검토)만도 신청할 수 있도록 개선됐다. 단 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완요구를 수용하지 않은 사항, 정당한 이유 없이 답변이나 자료제출을 거부한 경우 심사에서 제외될 수 있다.

사전심사는 의무가 아니다. 다만 사전심사를 받은 뒤 세액공제를 신고하면 신고내용 확인과 감면 사후관리 대상에서 제외된다.

또 추후 심사결과와 다르게 과세처분이 돼도 가산세가 면제되는 혜택이 있다.

국세청 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사를 요청할 수 있다.

국세청은 "사전심사 전문성 강화를 위해 기존에 지방청에서 한 중소기업 기술심사를 본청의 각 분야별 기술심사관이 담당해 일관성있고 전문적인 심사서비를 제공할 예정"이라며 사전심사 제도 홍보를 강화하겠다고 밝혔다.

아울러 국세청은 중소기업중앙회, 대한상공회의소 등 유관기관과 세무대리인을 대상으로 간담회를 열어 의견을 수렴하고, 제도개선 건의사항을 반영할 방침이다.

smith@news1.kr